Tak lama setelah diresmikan, sekolah dan gereja terpaksa harus tutup memberikan pelayanan akibat invasi Jepang ke Madura pada tahun 1942.
Kejadian ini membuat beberapa aset yang dimiliki Gereja menjadi tak terurus dan bahkan rusak parah, salah satunya adalah gereja St. Maria Gunung Karmel yang didirikan oleh keluarga Van Duyne di Marengan.
Baca Juga: 9 Wisata di Kabupaten Sumenep Terbaik, Cocok untuk Dijadikan Sarana Liburan Keluarga
Keadaan mulai sedikit berubah lebih baik pada beberapa tahun setelahnya yakni 1949, sebuah gereja darurat dibangun tak jauh dari sekolah yang dirintis oleh para suster sebelumnya.
Dan sekolah Katolik pun mulai aktif kembali pada tahun 1950 hingga kini.***
Baca Juga: Pemkab Sumenep Bersama PLN Berikan Kado Spesial Kepulauan Gili Raja di HUT ke 752