Di usia 18 tahun, tepatnya pada tahun 1953, beliau bernita meneruskan pendidikan di Madrasah Mualimin Yogyakarta. Namun kehendaknya tidak terlaksana sebab pihak madrasah menyatakan kelas sudah penuh.
Buya Syafii Maarif justru diangkat menjadi guru bahasa Inggris dan bahasa Indonesia setelah tidak jadi menjadi siswa.
Baca Juga: Profil Putra Ridwan Kamil yang Dikabarkan Hilang Terseret Arus di Sungai Aeree Swiss
Beliau pun akhirnya bisa menempuh pendidikan di Madrasah Mualimin Yogyakarta seusainya menjadi guru.
Tamat sekolah, Buya Syafii Maarif tidak memiliki biaya untuk melanjutkan ke jenjang perguruan tinggi dikarenakan ayahnya meninggal dunia.
Kemudian beliau berangkat untuk menjadi tenaga pengajar di sekolah Muhammadiyah di daerah Pohgading Lombok. Baru setelah itu beliau menempuh pendidikan tinggi di Universitas Cokroaminoto dan berhasil meraih gelar sarjana di sana.
Mantan Ketua Umum Pengurus Pusat Muhammadiyah tersebut lalu memilih untuk melanjutkan pendidikan di Fakultas Keguruan Ilmu Sosial IKIP atau kini lebih dikenal dengan Universitas Negeri Yogyakarta.
Tidak puas di dalam negeri, Buya Syafii Maarif pun melanjutkan pendidikannya di luar negeri dan belajar ilmu sejarah pada Program Master Departemen Sejarah Universitas Ohio, AS.
Selanjutnya beliau melanjutkan pendidikannya dengan memilih Program Studi Bahasa dan Peradaban Timur Dekat, Universitas Chicago, AS dan mendapat gelar doctor di sana.
Buya Syafii Maarif pernah menjabat sebagai Ketua Umum Pimpinan Pusat Muhammadiyah ke-13 dari tahun 1998 hingga 2005, saat itu beliau menggantikan Amien Rais.